平行宇宙中，任何事情都可能发生，即使是拥有同一个名字同一种能力的人，他们也可能分出善恶两面，甚至更复杂的特性。在我们熟悉的地球空间中，正义联盟的伙伴们超人（Mark Harmon 配音）、蝙蝠侠（William Baldwin 配音）、闪电侠、绿灯侠相互砥砺合作，共同维护这个世界的和平。而就在平凡的一个早晨，看起来有些不同寻常的莱克斯·卢瑟（Chris Noth 配音）突然出现在闹市中央。　　这个卢瑟来自于另一个平行世界，在那个世界里，他和小丑作为正义战士出现，但是不久前他遭到了邪恶超人、闪电侠等组成的罪恶集团的残酷打击。侥幸逃到这个世界的卢瑟，只有求助于熟悉而又陌生的正义联盟……

16岁的少年三栗智和在某个夜晚做了个奇怪的梦。在这个未曾见过的梦世界里，看到一个少女在和敌人战斗。在那个梦世界智和有着不可思议的力量，并给予少女那个力量来击退敌人。智和就在这种迷惑下醒来，并且感到吃惊的是，醒来后发现梦中出现的少女就出现在自己旁边。除了神秘的美少女“莫奈”以及生活在一起的堂姐妹千条七濑与千条九叶，还有就是从小青梅竹马的水月，现实在梦世界的战斗现在从这里开始！

环境恶化导致了自然灾变，原有的世界秩序陷入混乱。贺将年少时便跟随父亲贺长风在新萨科城开卡车谋生，东邦流民在优人恐怖组织的压迫下艰难生存，忍无可忍之下，她决定带领乔七、刘战等东邦人兄弟一起奋力反抗。

结月（钉宫理惠 配音）是一个平凡的女子高中生，一天，在机缘巧合之下，她被手机传送到了一个名为“神牙”的世界之中。在那里，狼人和吸血鬼们同人类生活在一起，拥有着特殊血脉的姬神子维持着这个世界里的和平与平衡，但是有一天，姬神子莫名其妙的失踪了，天平开始倾斜，与此同时，名为厄魔的魔物接二连三的出现，整个世界处于崩塌的边缘。　　在这里，结月遇见了名为丰臣秀吉（花江夏树 配音）的武将，被其所救，很快，丰臣秀吉就发现，在结月的血中，存在着能使月牙族觉醒的神秘力量，之后，武田军、上杉军、真田君等各派人马都知道了结月的秘密，结月成为了他们争夺的对象。

这座城市住着众多的神，其中心存在着通往地心深处——深渊的“地下城”。城市的名字是迷宫都市欧拉丽。　　女神赫斯缇雅与冒险者贝尔·克朗尼，一如既往地是主神和仅仅一名眷族的最小构成。但达成了世界最快升级这一伟业的贝尔，开始受到前所未有的的万众瞩目——　　迷宫中的相遇，以及冒险——这是再次开始编织的，少年所走过的，女神所记录的【眷族物语】

纪元前，在中国西方的秦国，年轻的千人将·信曾与已故的好友有着「天下的大将军」这一共同的梦想，而至今仍以此为目标。 此时，秦国成功攻陷了军事上最重要的据点山阳，并由此向中华统一又迈进了一步。但，对于可能改写七国势力图的这一手感到危机感的赵国天才军师·李牧，以楚国宰相·春申君为总大将，楚、赵、魏、燕、韩、齐六国兴起合纵军，开始进攻秦国！ 面对前所未有的危机，秦国集结所拥有的全部武力，迎击合纵军！！

“即使如此人们还是不得不扪心自问、仔细斟酌……”　　尖端岛是一个被油泥海包围着的小岛。　　小岛因70年前发生的战争而被“南大陆自由圈”接管，アキユキ（男）与母亲一起在小岛上生活。　　父亲经营着一间小诊所，过着与母子两人的分居生活。　　某日，アキユキ与好友ハル以及フルイチ在上学的途中被卷入了一起爆炸事件。　　爆炸中，アキユキ的手臂遭到了爆炸物射出的神秘光线的照射，变身成了名为“ザムド（Xam'd）”的怪物。　　就在此时，名为ナキアミ的红发异国少女出现在因丧失自我而四处暴走中的Xam'd面前……　　阻止Xam'd的暴走后，ナキアミ将アキユキ带上了国际邮船ザンバニ号。　　アキユキ为了今后能够控制Xam'd的力量并回到尖端岛，与ザンバニ号上结识的伙伴们一起开始了环游世界的旅行。

这是一个很久以前的故事。有一个地方住着一对老夫妇。老爷爷上山去捡些木柴，老奶奶去河边洗衣服——（过程省略）　　虽然桃太郎消灭了鬼，但是他得知外国似乎也有鬼的存在……于是他渡海而来。　　值得称赞的是消灭了鬼，值得高兴的是大家得到了拯救。而唯一一件令他不满意的事情是——还未能享受到杀戮的快乐。　　这个故事所阐述的是另一种可能……　　如果顺着河流而下的大桃子并不只有一个的话……如果流入日本河流的桃子只不过是成千上万的其中之一个的话……

灵州九国由天子掌管，已历千余年。灵州地脉善生玄气，被天下方士视为修行法源，并衍生出玄术法门。八大诸侯则各领一方国士，拱卫天子。此时帝霈为第八代天子，依照天权统御九国，手中藏有上古神明传下的玄机法卷。 　　盛元十一年，灵州祖脉扶桑树无故枯萎，天子暴政也令天下动荡不安，最终八大诸侯组成联军掀起“九郢之乱”，推翻帝霈，火烧望帝城，九国分裂，各生壮心，但各方诸侯制衡，皆不敢擅自为主，只得推选皇族帝浚登位，实则为傀儡王权，但也因此，望帝城反成自由之土，列国皆可自由出入。 　　自此天下大乱，群侯明争暗斗，神秘教派“天机教”趁机崛起，欲有所作为。而天下纷争，方士学派各立门户，依附于八大诸侯及皇权，割据之乱愈演愈烈，但因玄兵灭国之术九国皆同，势均力敌，一时之间并未有灭国大战，直到一个方士弟子的觉醒，竟掀起一场更大的风波…… 　　少年侠客玄奇在调查一宗江湖奇案时，意外结识木瑄、风灵玥、丹朱等少年英侠  ，几人不同的命运交织，偶然解开了灵州大陆上古遗留的文明之谜，并共同踏上寻找灵州列国动荡源头之途。

普通高中生四月一日君寻（福山润 配音），有着异于常人的体质，他可以看到并且吸引各种鬼怪，而如果和同学百目鬼静（中井和哉 配音）在一起时，就不会被鬼怪缠上。因为命运的牵引，四月一日走进了一家奇怪的店里，这是一家可以帮客人实现任何愿望的店，但是店主人壹原侑子（大原沙耶香 配音）同时要拿走和这愿望对等的代价。侑子答应帮四月一日实现远离鬼怪的愿望，而作为代价，四月一日要留在店里打工。　　有一天，一个阴郁的少女走进店里，委托侑子实现自己的愿望。由此，侑子、四月一日和百目鬼三人来到了一所诡异的豪宅里。在这里，他们遇到一群奇奇怪怪的收藏家，同时，四月一日在这所大房子中遭遇了各种各样的灵异事件，犹如在仲夏夜里做了一场诡秘的梦……

从很小的时候起，在母亲的引导和教导下，有马公生（花江夏树 配音）便将成为优秀的钢琴师当做了自己的毕生理想，一路走来，亦斩获了不少佳绩。不幸的是，在11岁那年，有马的母亲去世了，而有马亦再也无法听见自己所演奏的琴声，如此一来，他同自己最初的梦想渐行渐远。　　在念初三那年，一位名叫宫园薰（种田梨沙 配音）的女生出现在了有马的身边，薰演奏的乐器是小提琴。很快，有马便被薰身上所散发出来的才情和热情所吸引了。让有马没有想到的是，薰竟然指定有马成为她比赛中的伴奏，在薰的影响下，有马渐渐重燃了对于钢琴的热爱，他和薰之间的距离也因此越来越近。

在死神界有留克的死神追加了讲述月亮的场面。伊出不登场。随着夜神总一郎心脏病发作的场面被删除，他在第二次基拉事件时看电视的地方也从医院的病房变成了街头。月和L的初次见面的地方变更为放映室。L想到了基拉对第二个基拉的回答。松田误入松柏集团会议室时做弥撒的地方，从工作间改到搜查本部的房间。在雷姆消失的场面中，留下雷姆笔记本的描写和月亮拾到笔记本的描写被删除，第三本笔记本的情节全部被省略，与《光环2》相连接。L的墓前，追加了日本搜查本部的成员宣誓的场面。部分干部的死因，从心脏麻痹一律改为个别死因。三堂从建筑物坠落死亡。纸村伫立在车站的铁轨上，被电车轧死。奈南川是交通事故。